A Federação Paulista de Futebol definiu os 32 clubes participantes e o regulamento da Segunda Divisão do Campeonato Paulista 2016. A Francana como o presidente Anderson Silva havia divulgado está fora do torneio.
De acordo com a Federação Paulista, apenas a Internacional de Bebedouro da região da Alta Mogiana está confirmada no torneio. Os clubes foram divididos em quatro grupos com oito clubes cada. As equipes jogarão em turno e returno e as quatro melhores avançaram para a fase seguinte.
Para dar mais datas aos clubes, ao invés de ir direto ao mata-mata, as 16 classificados serão divididas em quatro grupos, que jogarão em turno e returno dentro do grupo. As duas melhores se classificarão para as quartas de final.
Os oito melhores times disputarão as quartas de final e a semifinal para decidirem os acesos. Terão direito os dois clubes que vencerem a semifinal. Todas as eliminatórias serão disputadas em sistemas de ida e volta.
